Analisis Docking Molekuler Senyawa Beserta Prediksi Toksisitas dan ADME Komposisi Kimia Ekstrak Daun Pecut Kuda (Stachytarpheta jamaicensis (L) Vahl) Sebagai Antiinflamasi

INDRAYUNI, DWI. 2024, ANALISIS DOCKING MOLEKULER BESERTA PREDIKSI ADME DAN TOKSISITAS SENYAWA KOMPOSISI KIMIA EKSTRAK DAUN PECUT KUDA (STACHYTARPHETA JAMAICENSIS (L) VAHL) TERHADAP ENZYM 15-LIPOXYGENASE-2, SKRIPSI, FAKULTAS ILMU KESEHATAN, UNIVERSITAS DUTA BANGSA, SURAKARTA.
Daun pecut kuda dimanfaatkan masyarakat Indonesia untuk pengobatan salah satunya pengobatan inflamasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui senyawa berkhasiat antiinflamasi yang terkandung dalam daun tanaman pecut kuda melalui ekstraknya dengan melihat nilai binding site dan interaksi asam amino dari komposisi ekstrak daun pecut kuda dengan enzim 15- lipoxygenase-2. Senyawa uji digambar lalu diubah ke 3D menggunakan shoftware ChemOffice dan target uji yang telah dipreparasi menggunakan aplikasi Biovia Discovery Studio selanjutnya dipreparasi menggunakan aplikasi VegaZZ. Target yang telah dipreparasi ditambatkan dengan ligan native menggunakan shoftware Pyrx-Phyton 0.8 Autodock Vina untuk melakukan validasi metode docking selanjutnya dilakukan analisis docking terhadap semua ligan uji dan dilihat interaksi asam amino melalui aplikasi Biovia Discovery Studio. seluruh ligan uji dilakukan prediksi ADME menggunakan progam SwissADME dan prediksi toksisitan menggunakan shoftware Toxtree.
Penelitian yang dilakukan mendapatkan hasil dari 12 struktur senyawa ekstrak daun pecut kuda pada struktur senyawa 2-benzylidenemalonic acid memiliki nilai binding site yang paling rendah dan nilai RMSD yang mendekati XRP sebagai pembanding. Persamaan interaksi asam amino yang paling mendekati ligan native diperoleh dari senyawa 1,7 Octadien; 2-(2,3-dimethyloxiran-2-yl)pyridine; 2,2-diheptyl-1-oxohydrazine 1-oxide dan 3,4,4a,5,8,8a-hexahydro-1(2H)-naphthalenone. Prediksi ADME semua struktur senyawa memenuhi persyaratan Lipinski’s rule of five dan prediksi toksisitas terdapat 3 senyawa yang menunjukkan hasil toksik.